Jak přesné jsou PCR testy na covid-19? - zpět na článek

Počet komentářů: 56

  1. V rámci mé právní přípravy na protiprávní jednání jsem nalezl, že u trvajícího přestupku lze zahájit řízení o přestupku až po jeho ukončení.
    https://advokatnidenik.cz/2020/01/23/rozdil-mezi-trvajicim-a-pokracujicim-prestupkem/
    Takže když chci nenosit roušku, tak nesmím udělat tu chybu a na chvíli si ji nasadit. :o))
    A také se jedná jenom o jeden přestupek, za který může být uložena jedna sankce. Teda když se prokáže ten materiální znak u zdravého člověka.

    1. Já tomu rozumím tak, že když vlezeš do obchodu, kde roušku mít musíš, tak přestupek začal, a když vylezeš na ulici, kde rouška není povinná, tak přestupek skončil… Ale třeba je to ještě jinak

    2. Docela zajímavě vypadala taky metoda, co tu někdo kdysi psal, nevim, esli to byla sofistikovaná prdel, nebo to skutečně prováděl, ale vzít si kus perlinky. Nebo eště dokonalost sama, co naprosto přesně symbolizuje, vo co go – koš pro čokly.

      Huba zakrytá je, žejo? Nebo snad někde je definovaný co to jako je zakrývka huby a esli má mít propustnost částic x cm, x mm, x um nebo x nm a po jakou dobu a jakým směrem?

      1. Behemot 20.8.2020 v 12:23

        Ano, již při četbě vámi zmiňovaného příspěvku jsem strnul údivem, jak je autor chytrý a vynalézvý.
        Díky jeho vynálezu, někdy označovanému jako švejkování, se všichni ostatní dříve dočkají přesné specifikaci provedení a posléze i nutné certifikace roušek, jejího kontrolování a obsáhlého pokutového sazebníku.

  2. PCR má z principu specificitu 100%. Problém je, že ji nemáte jak na 100% prokázat, protože byste museli mít přečten genom všech organismů na této planetě. Takto do hry vstupuje statistický interval spolehlivosti, který se standardně dělí na 95%, 99% a 99.9%. Uděláte tedy test, který Vám z principu musí vyjít na 100%, on tak i vyjde, ale stejně jako výsledek uvádíte spolehlivost při např. 95% intervalu. Tedy, že při Vaší metodice je prokázána statistická šance jen 5%, že jiný soubor vzorků by dopadl v rozporu s Vašimi závěry. U PCR na covid-19 nebudete testovat všechny organismy na světě, ale omezíte to jen na ty, které by se daným sekvencím vybraným pro test covid-19 teoreticky mohly podobat. Nebudete mít vzorků tisíce ale desitky (protože je to drahé a z principu nedává smysl) a statisticky se tedy nad 95% spolehlivost nedostanete a to ještě proti vybraným virům, ne všemu živému.

    Pak přijde někdo na dfens a začne rozjíždět teorie o stovkách falešně pozitivních testech protože specificita je jen 95%… V reálu falešně pozitivní být mohou, ale jen kontaminací vzorku.

    Tímto směrem boj proti nesmyslným život a ekonomiku likvidujícím vládním opatřením opravdu nemá smysl vést ani debatu natož boj.

    1. můžete to rozebrat hlouběji?

      zejména:
      – proč má 100% specificitu?
      – cit. „Pak přijde někdo na dfens a začne rozjíždět teorie o stovkách falešně pozitivních testech protože specificita je jen 95%“ — specificita(selektivita, skutečná negativní míra) určuje správně negativně klasifikované. Pokud tedy tady někdo „rozjíždí“ info o falešně *pozitivních* testech, mělo by to souviset se sensitivitou, ne? Pokud ne, prosím vysvětlete. Zatím jsem ve všech pracech co jsem otevřel viděl lidi pracovat jak se sensitivitou a specificitou. Sensitivita a specificita asi jdou navzájem přepočítat, ale jen pokud je známa prevalence, ne? Opravte mne prosím. A stále se domnívám, že sensitivita/specificita není totéž jako pozitivní/negativní prediktivní hodnota, pokud tedy budeme slepě testovat na nemoc s mizivou prevalencí (jakou má prevalenci covid?) bude hodně falešných testů.
      – jsou vůbec i vysoké prediktivní hodnoty(které pochybuji že máme) podstatné pro zabránění falešných výsledků? Např. zde [1] jest tvrzeno, že specificita je 95% (ok, nebude „tak moc“ falešných negativit) ale sensitivita jen 70% (budou falešné pozitivity) — ale SOUČASNĚ je i zde tvrzeno, že sensitivita i specificita je významně ovlivněna fází nemoci a místem odběru.

      Z „paperu“ [1] ještě vypíchu dva odstavce:

      Pre-test probability is high in someone with typical symptoms
      of covid-19, an occupational risk of exposure, and working in
      a high prevalence region, and negative test results can therefore
      be misleading. Table 1 shows that for a pre-test probability of
      90%, someone with a negative test has a 74% chance of having
      covid-19; with two negative tests this risk is still around 47%.

      [interpretace: dozvídáme se zde(překvapivě), že sedlák z bílých karpat nemá stejnou pretest pravděpodobnost jako vocas z metra(jakkoli to do psčr nedoznělo) a není ho třeba vůbec testovat, zatímco o vocasovi z metra si i po opakovaným negativním testu můžeme být jeho negativitou jisti podobně jako že nám při hodu mincí padne vorel. ]

      A systematic review of the accuracy of covid-19 tests reported
      false negative rates of between 2% and 29% (equating to
      sensitivity of 71-98%), based on negative RT-PCR tests which
      were positive on repeat testing.

      Poznámka: domnívám se, že šířením znalosti (nejen) jak testy fungují je správná cesta, protože může třeba lidi donutit ochotněji přijímat opatření, méně se bát a tak dále, anebo třeba nedělat nesmysly. Tato data nám kriticky chybí. Toto je jeden z mála webů, kam chodí lidé z mnoha oborů a tedy v průměru jsou většinou ve všem laici, ale nejsou to debilové, které baví dívat se, jak premiér močí, za jeho plný proud mu tleskají, a tento je dostačující pro pochopení jakékoli vládní politiky. Lidem, kteří nejsou debilové, chybí vysvětlení lepší než „je to tak, říkám já“. A připomeneme si [možná trochu nadnesené] tvrzení jistého feynmana: pokud to nejste schopni vysvětlit prvákovi na „uni“, dostatečně tomu nerozumíte. To co teď opravdu potřebujeme, je bez výmyslů zveřejnění toho co víme a víme to prokazatelně. Co opravdu nepotřebujeme jsou věřící lidé (zejména na vůdčích pozicích) či bertrandovy létající konvičky.

      [1] https://www.bmj.com/content/bmj/369/bmj.m1808.full.pdf

      1. Udělejte si pořádek v termínech, protože bez toho věci čtete, ale nerozumíte jim. Senzitivita – schopnost odhalit nemocného. Specificita – schopnost správně označit zdravého.

        To, že testy jsou falešně negativní (nízká senzitivita), je potenciálním problémem pro šíření epidemie a slouží ke strašení, zavírání hranic, přikázání roušek atd. Proti tomuto se dá použít ekonomická kalkulace a zjišťování skutečných dopadů chřipečky na populaci, či konkrétní rizikové skupiny.

        PCR funguje na principu porovnávání genetického kódu a falešně negativní výsledek je tak prakticky vyloučen z pohledu metody. Riziko je tedy pouze z kontaminace vzorku. Specificita je tedy prakticky 100%, pokud po odběru někdo s covidem neotevírá zkumavky a nekašle na vzorky. Ve vědeckém článku o testování specificity se ovšem dočtete, že jim vyšla na 100% v intervalu spolehlivosti 95%, což si tady na dfens někdo přeloží jakože, ze 7k zdravých bude 350 falešně pozitivních…

        1. přiznávám, že mám solidní problém váš poslední odstavec přečíst. Definice obsahující dvojí až trojí negaci jsou trochu peklo.

          „PCR funguje na principu porovnávání genetického kódu a falešně negativní výsledek je tak prakticky vyloučen z pohledu metody.“ — falešně negativní výsledek znamená „nemocný chybně identifikovaný jako zdravý“[1], vzorek viru chybně identifikovaný jako něco jiného. Protože metoda je (prý) spolehlivá, toto nenastane, tj. vzorek viru nebude chybně identifikovaný jako něco jiného, tj. vzorek viru bude 100% identifikovaný jako on sám. A to je definice sensitivity: „procento nemocných, kteří jsou korektně identifikováni.“ [1] Přesto vy píšete, že specificita je prakticky 100%.

          Co bych očekával od testu s vysokou specificitou je to, že nebudu mít zdravé lidi označené za nemocné „the percentage of healthy people who are correctly identified as not having some illness“ [1].

          Kde je chyba?
          Jaký je vztah mezi sensitivitou/specificitou a falešnou negativitou/pozitivitou, CO ovlivňuje co?

          [1] — https://en.wikipedia.org/wiki/Sensitivity_and_specificity

          1. Omlouvám se, falešně negativní mělo být falešně pozitivní. V prvním příspěvku jsem to psal správně.

            Senzitivita ovlivňuje falešnou negativitu, Specificita ovlivňuje falešnou pozitivitu. Vztah mezi nimi definičně není žádný. V reálu je samozřejmě potřeba řešit jak z poolu pozitivních a negativních výsledků odlišit ty falešné…

            1. Chápu. Jak jsem říkal, jsem laik a jsem si své nedostatečnosti v oblasti vědom. Proto jsem to četl — opravdu mnohokrát — předpokládaje, že to jen nechápu a vy máte pravdu, ale pořád mi to nedávalo smysl. Pokud to v tomto jediném příspěvku bylo naopak, pak je to jasné.

              vtip: bylo to nevyhnutelné, to už se mi stalo mnohokrát. Jde o třetí zákon internetu který říká, že když někomu řeknete, že něčemu nerozumí(i když je to třeba pravda), v nasledném textu sám uděláte chybu ;) To se děje pořád.

      2. Prevalence s termíny senzitivita a specificita nesouvisí definičně nijak. Souvisí ovšem s konkrétními vysledky za populaci. PCR je metodicky zlatý standard, ovšem zisk vzorku je problém (nosní, krční x bronchoskopický stěr). Prakticky Vám tedy nemocní nemohou přebývat (100% specificita), ale můžou dost chybět (70% senzitivita znamená, že 30% nemocných jste neodhalil, ačkoli jste je testoval).

        Jestli nemocné musíte léčit (asymptomatické případy) a jak moc jsou nakažliví, je úplně na jinou debatu, ke které budou spolehlivá data tak za 10 let…

        Boj proti hysterii opravdu nelze vést upozorněním na špatnou senzitivitu, protože je argumentem pro. Nelze jej vést upozorněním na vadnou specificitu, protože špatná není.

        1. Prakticky Vám tedy nemocní nemohou přebývat (100% specificita) [nemůže být více nemocných, než je změřeno], ale mohou chybět[někdo nemocný byl testován negativně ač je pozitivní].

          Nemůže být více nemocných, než je změřeno, protože prý 100% specificita, která 100% zdravých správně identifikuje(viz) definice. OK. Jak funguje, že 100% identifikuju zdravé? Kontaminaci neuvažujeme. Neznamená to jen, že jsem nenašel shodující se bacil? Není to principielně totéž, jako že jsem nenašel u ženy v pokoji špinavý nádobí, a proto si tedy myslím, že tam není? Zatímco v tomto druhém případě to vůbec neznamená, že tam to nádobí není…

          1. Neidentifikujete zdravé na 100%. Ale na 100% se Vám nestane, že u zdravého prokážete nemoc. Musíte si uvědomit, že v populaci máte zdravé a nemocné. Senzitivita se týká jen té nemocné části, specificita jen té zdravé. Nízká senzitivita způsobuje, že nemůžete po negativním testu tvrdit, že jste zdravý. Vysoká specificita znamená, že po pozitivním testu nemůžete tvrdit, že se test spletl a nejste nemocný.

            Proto tímto směrem nelze vést boj proti koronavirovým opatřením. Věda okolo testů hraje do rukou alarmistů.

            Je potřeba se zaměřit, jak moc jsou lidé nemocní a nakažliví, když jsou pozitivní, jak moc jim život ohrozí jistá ekonomická likvidace oproti např. tuším 0.04% šance na úmrtí u nerizikových skupin atd.

            1. „Vysoká specificita znamená, že po pozitivním testu nemůžete tvrdit, že se test spletl a nejste nemocný.“ — nechci teď slovíčkařit, ale jak moc je to pravda?

              OK, s vysokou specificitou nemohu tvrdit, že pozitivní výsledek je pozitivní chybně. Ale pokud se bavíme o klasifikaci pacienta, pak je nám sensitivita/specificita sama o sobě k ničemu, protože o pacošovi něco říká pozitivní/negativní prediktivní hodnota, kterou si snadno spočteme, známe-li prevalenci onemocnění.

              Otázky:
              – je možné říci bez započtení prevalence něco o pacientovi? Pokud budu mít prevalenci 1*10^-20 pak i vyjimečný falešně pozitivní test můžu zahodit, a nemusím ani testovat. Nikdo to nemá. Pokud budu mít prevalenci blízkou 1, tak zase nemusím testovat.

              – jak se vlastně měří prevalence onemocnění v populaci, zejména když mám test kterej je parádně nahovno jako boreliový westernblot se sensitivitou 30-40%? Jak se pracuje v situaci typu koronaviru, kdy prevalenci vůbec neznám?

              – Vaše vysvětlení cit.: „Nízká senzitivita způsobuje, že nemůžete po negativním testu tvrdit, že jste zdravý. Vysoká specificita znamená, že po pozitivním testu nemůžete tvrdit, že se test spletl a nejste nemocný.“ je velmi pěkné a krásně pochopitelné. Ale jak s ním „zacvičí“ situace, kdy budu mít velmi nízkou prevalenci(desetina-setina promile)? Nemoc je tak nějak nevyskytující se sama o sobě … Když jsem to kdysi počítal, tak mi to vyšlo (na správnost výpočtu si samozřejmě vsadím max. zkyslé mléko) že test za účelem potvrzení onemocnění nemá žádný význam dělat, a jeho výsledek je výrazně méně jistý než hod mincí.

              1. Ona je ale prevalence a prevalence. Prevalence pro pana Nováka může být 0.00008%, ale prevalence pro pana Novotného, který bydlí v domově důchodců, který má již 10% nemocných včetně personálu, který pravidelně ošetřoval i jeho, je úplně někde jinde. U jiných nemocí zase hrajou roli příznaky, dědičnost atd.

                Například se kdysi řešilo, že plošné testování na rakovinu prostaty u mužů před 50 lety věku pravděpodobně způsobuje více škody, než užitku. Přesně protože prevalence, senzitivita a specificita dohromady s invazivitou a komplikacemi potvrzujícího vyšetření nevedou v případě plošného užití bez bližšího dělení pacientů se zvýšeným PSA ke zlepšení zdraví sledované populace, a tak se protokol upravil.

                Nicméně obecně lze říct, že např. testování na covid všech turistů přijíždějících do dané země, je s vysokou pravděpodobností ekonomický nesmysl. Jenže to vypadá dobře pro plebs a majitelé restaurací, hotelů atd. jen těžko prokáží škody v době krize, jiných pravidel v zemích odkud turisté přijíždí atd. Navíc si je lze koupit různými dotacemi kurzarbeity atd. Testovací lobby také určitě ráda přispěje na další volby nebo je spřízněna s vládnoucí garniturou přímo atd.

                Řešení covidu není tolik problém jako příznak celkově špatně nastaveného systému, kdy se společnost vychovává k víře ve stát a jeho činnost. Místo odmítnutí státu a jeho řešení z principu se tu pak různé skupiny dohadují, jak by to ten stát měl dělat „správně“, což je vždy jen dle světonázoru daného soudruha.

                1. Tomu všemu rozumím, a souhlasím s tím. Pokud však chceme testovat plošně, nemá smyslu příliš špekulovat o jednotlivých oblastech, snad kromě ležáků na LDN, protože povaha našich životů nás nutí dosti cestovat, čímž lokální prevalence je tak trochu nesmysl[myslím]. A tak pro plošné testování a vyhodnocení bychom měli znát ALESPOŇ průměrnou prevalenci. Známe ji? Jak se postupuje pokud se nezná? A jinak je jasné, že pacoš na LDN z vašeho případu má vyšší počáteční pravděpodobnost a tedy by měl spíš jít na test který by se měl brát vážně, zatímco u horala starajícího se o kozy posuneme iniciální pravděpodobnost opačným směrem.

                  Jsem obeznámen s jistými specifiky našeho systému, které jsou dány politickými a finančními zájmy (např. jistý ex-šéf jednoho oddělení se nechal slyšet, že neexistuje zdravý pacient, a KAŽDÝ bude pozván za půl roku na kontrolu, protože body). Ale o tom se nebavím. Minule jsem položil 3 otázky a zajímala by mne na ně odpověd v ideálním systému, kde si nikdo nesnaží oportunisticky nahrabat, anebo se debilní politik nesnaží dělat kroky jen aby před debilní/nepoučenou populací nevypadal jako ještě větší debil. Zkrátka jaká je odpověď na tyto otázky bez vnější faktorů, odpověď z učebnice, řekněme vědecká. Pokud je odpověď — není známo, tipneme si, klidně to napište, to je akceptovatelná odpověď. Spousta takových rozhodnutí je nutná.

                  1. – je možné říci bez započtení prevalence něco o pacientovi? Pokud budu mít prevalenci 1*10^-20 pak i vyjimečný falešně pozitivní test můžu zahodit, a nemusím ani testovat. Nikdo to nemá. Pokud budu mít prevalenci blízkou 1, tak zase nemusím testovat.

                    Obecně ne, ale obecně se o pacientovi vede spousta různých záznamů, má nějaké příznaky, kontakty, dědičnou zátěž atd. U nás se plošně na covid zatím naštěstí netestuje, protože cost-benefit je mizivý (to je důvod toho naštěstí, ne proč se netestuje – jen politická náhoda). Někde se to dělalo ze strachu nebo dělá z důvodů politických. Ze začátku se totiž klidně mohlo stát, že by covid opravdu do nemocnice posílal každého druhého a ne jen pár procent navíc oproti chřipce, od komoušů a jimi řízené WHO se nedozvíte, že covid položil jejich zdravotnictví, protože je řízeno stranicky a nikoli podle potřeb pacientů. Covid vypadá jako málo nebezpečné onemocnění, které ovšem svým aditivním charakterem jasně ukázalo, které systémy zdravotnictví jely na doraz. Kolem jakéhokoli socialistického zřízení je potřeba totiž chodit po špičkách, aby se nezačalo hroutit.

                    – jak se vlastně měří prevalence onemocnění v populaci, zejména když mám test kterej je parádně nahovno jako boreliový westernblot se sensitivitou 30-40%? Jak se pracuje v situaci typu koronaviru, kdy prevalenci vůbec neznám?

                    Onemocnění má i další znaky, kromě průkazů jedním málo průkazným testem. Dá se pitvat atd. Zpětně to pak není taková záhada. Ovšem u aktuálního průběhu nového onemocnění s projevy od asymptomatických po smrtelné je měření prevalence zbytečná činnost, protože nejprve musí dojít k ustálení situace. Zajímají Vás ohniska, kontakty atd. Otázka ovšem zní, kdo zaplatí účet za opatrnost nebo její nedostatek? Odpověď je, že ve státě nikdy ten, kdo ji má na starosti, a proto to nebude nikdy člověk, který by ji uměl nastavit správně. Chybí systém zpětné vazby, který by takové lidi, skupiny nebo postupy generoval.

                    – Vaše vysvětlení cit.: „Nízká senzitivita způsobuje, že nemůžete po negativním testu tvrdit, že jste zdravý. Vysoká specificita znamená, že po pozitivním testu nemůžete tvrdit, že se test spletl a nejste nemocný.“ je velmi pěkné a krásně pochopitelné. Ale jak s ním „zacvičí“ situace, kdy budu mít velmi nízkou prevalenci(desetina-setina promile)? Nemoc je tak nějak nevyskytující se sama o sobě … Když jsem to kdysi počítal, tak mi to vyšlo (na správnost výpočtu si samozřejmě vsadím max. zkyslé mléko) že test za účelem potvrzení onemocnění nemá žádný význam dělat, a jeho výsledek je výrazně méně jistý než hod mincí.

                    Ve skutečnosti jde o procenta, se kterými tvrdíte nějaký stav. U covidu prostě můžete po pozitivním PCR testu hlásit, že to má a retest má šanci na problém s odběrem (mimochodem Vaše příhoda s OXOXOX má při senzitivitě 70% šanci na vznik skoro 1%, nevím, kolik lidí testovali 6x, ale není zvláštní, že někdo na internetu zná někoho, komu to takto vyšlo). Po negativním musíte spočítat z dat o prevalenci a senzitivity, jaká je pravděpodobnost, že se test spletl – u skutečně náhodně vybraného pacienta v ČR aktuálně cca 0.0005 * 0.3 = 0.00015 šance na to, že byl falešně negativní (tedy v reálu můžete prakticky tvrdit, že je zdravý). Pokud se jedná o člověka s kontakty vstupuje do hry ještě R0, které také nebude uniformní, protože bude rozdíl v šíření např. na 5-denní rozlučce se svobodou a v LDN, kde se snaží dodržovat bariérová opatření. A zase se bavíme o covidu, kdyby šlo například o vzácné genetické onemocnění, tak PCR je schopno potvrdit, že nejste nemocný danou nemocí, protože odběr nebývá problémový.

                    1. Děkuji za vysvětlení!

          2. Prakticky Vám tedy nemocní nemohou přebývat (100% specificita)

            [nemůže být více nemocných, než je změřeno] toto jste vydedukoval špatně. Nemocných je v reálu nějaký počet a po měření by Vám mohli falešně pozitivní přebývat. U specificity 100% se to nemůže stát, protože falešně pozitivních je 0%. Ovšem, pokud senzitivita není 100%, budou někteří nemocní scházet jakožto falešně negativní. A nemocných je tedy v reálu více, než bylo změřeno testy. Správně zní [nemůže být méně nemocných, než je změřeno].

            1. Moje chyba, máte pravdu. Vím proč jsem ji udělal, ale to není podstatné. Děkuji za opravení.

      3. Praxe s tím plně koreluje, je-li pravda, jak tu někdo zmiňoval případ z okruhu jeho známejch, že ze 6 pokusů to vyšlo na střídačku třikrát tak a třikrát vobráceně, tak jsou to ohromně vyhozený prachy, jinak je to úplně ku hovnu.

        Současně empiricky VÍME, že naprosto drtivá většina lidí si toho pomalu ani nevšimne, a současně že chudáci lidi, co to mají stejně za pár, by se měli sami rozhodnout, esli chtějí eště vidět svoje blízký, nebo zůstat trčet v nějakým ústavu, protože jsou si sami vědomi toho, že to může přijít kdykoli a naprosto na cokoli. Ta šaškárna, ty naprosto zhůvěřilý manévry, co vedoucí zmrdi předvádí, za to patří ke zdi, a ne jim pleskat. Např. tudle rádio mlelo něco vo tom, že nějakej JEDEN honič strakatýho balónu je prej pozitivní (ať to znamená cokoli, s ohledem na kvalitu výsledků), a voni snad zas zastaví půlku té mašinérie? Jako WTF? :D

  3. Zahlídl jsem jednodušší příklad.
    Výchozí stav: promořenost populace je 1%. K dispozici máme test s falešně pozitivním výsledkem v 5%. Otázka zní, jak velká je pravděpodobnost, že jsem skutečně pozitivní, pokud mi vyjde test jako pozitivní.
    Otestujeme třeba 100 lidí. My víme, že tam bude právě jeden nemocný, toho test odhalí spolehlivě a šup s ním do karošky. Pak nám ale do karantény pošle i 5 zdravých lidí (5% z 99).
    Máme v karanténě 6 lidí a mě zajímá, jak je velká pravděpodobnost, že tím nemocným bude právě Pepa Novák. Simsalabim! Je to 17% (1/6).
    Takže mě ještě zajímá, co ta čísla v novinách vlastně znamenají. Počet pozitivních nálezů?

  4. Nestalo se něco s dostupností tohoto webu? Mně to celý dopoledne vůbec nešlo přihlásit. Stává se to i ostatním?

    1. Občas to nejde na stránce s diskusí, ale na homepage ano.

    2. Občas se nepřipojím z Firefoxu, ale z Chrome ano…

  5. Me by celkem zajimalo, co se vzorky/testy deje dal… DNA, kontaktni udaje… celkem poklad, pro vedu, ci stat :)

Komentáře jsou uzavřené.

D-FENS © 2017